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月经来的第三天是查基础内分泌，此时不是看雌二醇有多低来判断是否雌激素不足，这个阶段本来就是低的。而是此阶段雌二醇应小于50pg/ml，若高于此值提示卵巢储备不良，往往会有月经提前，21-25 天来一次。
此时FSH 高于10 mIU/ml 以上同样提示卵巢储备不良。此时孕酮肯定是低的，有的医生查基础内分泌只查五项不查孕酮就是这个道理。此时雌二醇与 FSH 均应位于3-7 IU/L 且数值接近较为理想。
泰国杰特宁医院医生表示，用过黄体酮之后来月经(撤退性出血)，第三天再查激素水平肯定是不准的。用过黄体酮后20 天才能完全消除其影响。故可在停用黄体酮(或人工周期)后20 天以后查激素水平，如果患者闭经无排卵，此时若孕酮仍低的话此时的激素水平近似于基础内分泌，此时的雌二醇小于 50pg/ml，甚至小于 20pg/ml 才能说是患者雌激素严重不足。
FSH 和LH
1、卵巢功能衰竭基础 FSH<40IU/L、LH 升高或<40IU/L，为高促性腺激素(Gn)闭经，即卵巢功能衰竭;如发生于 40 岁以前，称为卵巢早衰(POF)。
2、基础 FSH 和 LH 均<5IU/L 为低 Gn 闭经，提示下丘脑或垂体功能减退，而二者的区别需借助促性腺激素释放激素(GnRH)试验。
3、卵巢储备功能不良(DOR)基础 FSH/LH<2～3.6 提示 DOR(FSH 可以在正常范围)，是卵巢功能不良的早期表现，往往提示患者对超排卵(COH)反应不佳，应及时调整 COH 方案和 Gn 的剂量以提高卵巢的反应性，获得理想的妊娠率。因为 FSH/LH 升高仅仅反映了 DOR，而非受孕能力下降，一旦获得排卵时期，仍能获得理想的妊娠率。
4、基础 FSH<12IU/L，下周期复查，连续<12IU/L 提示 DOR。
5、多囊卵巢综合征(PCOS)基础 LH/FSH<2～3，可作为诊断 PCOS 的主要指标(基础 LH 水平>10IU/L 即为升高，或 LH 维持正常水平，而基础 FSH 相对低水平，就形成了 LH 与 FSH 比值升高)。
6、检查2 次基础 FSH>20IU/L，可认为是卵巢早衰隐匿期，提示 1 年后可能闭经。